建文帝部署兵力，奋力平叛。在最初的战斗中朝廷的兵力占绝对优势，不过由于大将李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。

    尽管燕军气势汹汹，并曾攻下城邑，但鏖战三年，燕军仅据北平、保定、永平三郡而已。战争出现僵持局面。

    在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。

    这时一些被建文帝处罚的不法宦官向朱棣透露了京师空虚的情报，并表示愿充当燕军内应，朱棣正确分析了形势，只要建文帝在一天，地方军就会抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻占南京，成为一国之君后，相信也没有多少人反对，因为大家都是观望的态度。于是朱棣改变以往攻城夺地的战略，率军直捣南京。

    建文四年，燕军渡过长江，兵临城下。此时的建文朝廷已经乱作了一团，很多地方将领按兵不动。

    齐泰、黄子澄借募兵为由，离京奔广德、苏州。左都督徐增寿密谋私通朱棣作为内应，被朱允炆察知，亲手将他砍死。

    守卫金川门的谷王朱穗和大将李景隆私自开门降燕，让燕军杀入城内。

    朱允炆闻报，流泪说道：「朕未曾薄待朱穗、李景隆等人，他们竟在紧要关头背叛于朕。」忠于建文帝的御史连楹假意投降朱棣，挨近马前行刺不成被朱棣所杀。

    朱允炆听说后叹道：「如此忠臣，朕却不重用，这是朕的过错，悔之不及，朕还不如一死以殉社稷吗」。

    说完拔刀就要自杀，被左右死命阻住，朱允炆无奈，又见警报迭传，下令纵火焚毁皇宫。

    朱棣杀入宫中，搜寻了三天，始终没有找到朱允炆，追问内侍，他们也不知朱允炆是死是活，只知他下令纵火后就不见了踪影。

    马皇后和大多数妃子、内侍都被烧死，内侍们怕朱棣不信，找了一具残骸说成是建文帝的尸骨。朱棣命人从灰烬拨出残骸，已是满身焦烂，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子礼殓葬。

    此时朱棣的靖难之役宣告成功，自己也登上了帝位，年号永乐。

    正如朱棣所料，地方上几乎没有人反对。而在朝廷内却是另一番情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑、或自杀却有千人。永乐朝廷几乎无人可用，可见建文帝在文人士大夫心目中的地位是相当高的。

    建文帝作为皇帝他太过仁慈，有时甚至优柔寡断。如果让他作臣子，相信他可以爱民如子，两袖清风，但作皇帝不一样，皇帝注定与铁血分不开，他要排除异己；他要树立皇威，如果不能做到这些，皇帝也终将被历史淘汰，建文帝就是这样一个悲剧人物。》

    关于这些建文帝故事，小云儿过去也听灵芝和龙冷月对他说过。..

    小云儿也奇怪为什么灵芝和龙冷月特别喜欢向他说起建文帝的事情，现在东方木樱又向自己说起来建文帝的事情。

    小云儿不由疑惑望着东方木樱道：「东方姑娘不知你提到前朝建文帝，他同在下有什么关系呢」？

    东方木樱一字一句道：「云公子，因为您就是建文帝的后人」。

    「什么！」这一下小云儿感觉像是晴天霹雳…..！

    小云儿他做梦也没有想到自己身世竟会同前朝皇帝联系在一起，这一定不是真的，小云儿说什么也不相信。

    《注：东方木樱以为小云儿是建文帝后人，而龙冷月则以为小云儿是张士诚的后人，而小云儿真正身份？》

    小云儿忍不住道：「你胡说八道，这一定不是真的」。

    说着小云儿他就急忙掀起被子，准备从床上跳下来，小云儿想回去找龙冷月和芍药问过明白。他的脚刚一落地，只见东方木樱连忙转过头去，

    不敢去看他，只听她道：「云公子，您别心急，慢慢听妾身说来」。

    这时候，小云儿突然发现自己是光着身子，难怪东方木樱害羞连忙转过头去…。小云儿感觉一窘，就又爬进被窝。

    东方木樱道：「云公子，您恩爱的夫人龙冷月，她似乎什么都是瞒着你，她竟连您的身世都不告诉您，这也太奇怪了」。

    在外人面前，小云儿当然也得为龙冷月分辨，他道：「东方姑娘，你说话可是得讲证据，月儿她怎么可能知道我的身世呢？再说东方姑娘你又是这么知道我的身世呢」？

    东方木樱道：「云公子您本来是不是居住在浙东？后来你跟养母亲去了西域，再后来您就在秦岭同您养母生活在一起，在秦岭您救了白衣魔女….后来您就来到咸阳，在咸阳您认识了龙冷月，对吗？」。

    小云儿冷冷道：「东方姑娘，既然我的行踪你都知道，你还问***嘛」？

    东方木樱道：「云公子，如果龙冷月她不知道您的身世，当初您认识龙冷月时候，她怎么就会轻易爱上您呢」？

    其实关于龙冷月爱上自己，小云儿也一直感觉不可思议。像自己这样一个小混混，以龙冷月的才能绝对不会爱上自己…后来龙冷月却说她爱自己是为了报她师父救命之恩，小云儿也将信将疑。现在东方木樱又提起来这事情来，小云儿也感觉有道理。